Det finns vissa nackdelar med att använda ett holdingbolag och dotterbolag, inklusive följande:
1. Registrering och löpande kostnader för uppehåll.
Holdingbolaget och varje registrerat dotterbolag kräver betalning av registereringsavgifter. I vissa fall kommer det även att finnas årsredovisningar som behövs lämnas in. Var och en måste också följa det styrande bolagets stadgan och dess individuella styrelse dokument. Genom att använda ett enda operativt företag undviks dessa ytterligare skyldigheter för efterlevnad per dotterbolag.
2. Lednings Utmaningar
Som nämnts behöver ett holdingbolag inte äga alla dotterbolagens ägarintressen. Det kan vara både en fördel och en nackdel. Om det inte äger 100% måste det ta itu med minoritets-ägaren eller ägarna. Ibland uppstår konflikter när minoritets-ägarnas intressen skiljer sig från holdingbolagets. Det faktum att holdingbolagets ledning inte behöver vara experter på de operativa dotterbolagens verksamheter kan vara både en fördel och en nackdel. Det kan vara en nackdel eftersom holdingföretagets ledning kan övervaka och fatta viktiga beslut för dotterbolag som de inte är särskilt bekanta med.
3. Komplexitet
Användningen av holdingföretag och dotterbolag tillför en komplexitet som inte finns i bolag utan holdingbolag. När ett börs-noterat företag till exempel använder en holdingbolag struktur kan det vara väldigt komplicerat, med många dotterbolag att hålla reda på. För sådana företag kan ett bra enhetshanterings system vara ett otroligt viktigt verktyg för att hålla reda på all viktig information, register och förfallodatum för alla underliggande dotterbolag. Men även för mycket mindre företag är det viktigt att hålla register, tillgångar, skulder och fastigheter för varje dotterbolag åtskilda från varandra.